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《世紀帝國III》背景設定在15世紀至19世紀，即中國的明清兩代。有《群酋爭霸》與《亞洲王朝》兩個資料片，若算入決定版新增的內容則有三個。和系列作品一樣，玩家可以透過選擇文明在世界各處殖民地為背景的地圖加以發展或征戰。但由於變革之處極大，很大程度的改變了遊戲方式，所以飽受部分II代老玩家的批評。甚至有人認為，應該將這款遊戲視為獨立創作而非系列創作。
遊戲中雖然有設定國家元首人物與採用國旗，但其文明的整體特色並不限制於該元首的生卒年與旗幟的使用年份。例如遊戲中的不列顛領袖是伊莉莎白一世，但她在世的時候（1533年～1603年）遊戲中的1606年聯合王國旗都還未被使用，而不列顛的獨特單位火箭砲，此款火箭在1804年設計出來時該旗已被撤換。第二個例子是，清國的黃龍旗與卡牌中的義和團也與康熙時代不同。
目录
1 變革之處
2 世紀帝國III文明介紹
2.1 《主程式》8文明
2.2 《群酋爭霸》新增3文明
2.3 《亞洲王朝》新增3文明
2.4 《決定版》新增2文明，追加推出1文明
2.5 《非洲皇室》新增2文明，追加推出1文明
2.6 《地中海騎士》新增2文明
3 單位
變革之處[]
每個文明都由一位歷史人物元首當代表，導致單人遊戲中AI文明的選擇無法重複。
加入「卡牌船運」與「家鄉城市」，讓部隊或資源的獲取方式更加多元。
進入新時代的方式多元（建築、研發、革命）。
以「探險者」單位取代斥候，並能藉由尋找「寶藏」而獲得資源或單位，但部分國家仍可獲得斥侯單位。
資源取得方式為即採即得，不需要來回搬運也不需要收集場。
貿易站獲取的不是資源，而是能夠換取船運的經驗值。
地圖上會有若干中立勢力，可以藉由建築交易站獲得其部隊。
無限量採集的人工建築，讓玩家能夠專心在作戰上而不用費心開拓資源。
單位在升級後外觀與頭銜都會有所變化。
重視兵種相剋，配兵相對於控兵的重要性提升。
世紀帝國III文明介紹[]
在《世紀帝國III》主程式中，玩家可以使用8個歐洲文明。每個文明都更加具有鮮明特性，各文明獨特單位的種類較前一代的多。（例如：法國胸甲騎兵、跳躍者散兵，德國的雙酬傭兵、烏蘭騎兵，不列顛的紅衣步兵、近衛騎兵。）
《主程式》8文明[]
英國人(British)
法國人(French)
德國人(Germans)
荷蘭人(Dutch)
西班牙人(Spainish)
葡萄牙人(Portuguese)
俄羅斯人(Russians)
鄂圖曼人(Ottomans)
《群酋爭霸》新增3文明[]
阿茲特克人(Aztec)
易洛魁人(Iroquois)，在《決定版》改名豪丹諾蘇尼人（Haudenosaunee）。
蘇族人(Sioux)，在《決定版》改名拉科塔人（Lakota）。
《亞洲王朝》新增3文明[]
中國人(Chinese)
日本人(Japanese)
印度人(Indian)
《決定版》新增2文明，追加推出1文明[]
印加人（Incas）
瑞典人（Swedes）
合眾國人（United States）：追加推出。
《非洲皇室》新增2文明，追加推出1文明[]
豪薩人（Hausa）
衣索比亞人（Ethiopians）
墨西哥人（Mexicans）：追加推出。
《地中海騎士》新增2文明[]
馬爾他人（Maltese）
義大利人（Italians）
單位[]
世紀帝國III強化了單位屬性的區分與相剋，讓遊戲更強調兵種配置
兵種屬性則略分為重裝步兵、遠距步兵、輕裝步兵（屬性如重裝騎兵）、重裝騎兵、輕裝騎兵、砲兵、村民/開拓者、探險者、船、建築物幾種。這些某些屬性會克制或是不利於某些屬性，但一個單位不限定只有一種屬性，有些單位一次會有多種屬性。